Ранее применялась Система регистрации иностранцев (яп. 外国人登録 gaikokujin tōroku) для записи сведений об иностранце, проживающем на территории Японии. Регистрация осуществлялась на муниципальном уровне, наряду (но не обособленно) с системой семейных реестров и регистрацией места жительства, которые применялись в отношении граждан Японии.
Иностранцы, пребывающие на территории Японии более 90 дней (за исключением военных, подпадающих под «Соглашение о статусе сил» и дипломатических работников), должны были зарегистрироваться в течение 90 дней. От заявителя требовалось предоставить заполненную анкету, паспорт (для лиц от 16 лет) и две фотографии. Для иностранцев, приезжающих на более короткий срок, система регистрации являлась добровольной.
Регистрация являлась обязательным для иностранцев условием для многих видов деятельности в Японии, например, для покупки мобильного телефона, открытия банковского счёта или получения водительского удостоверения.
Как описано ниже, 9 июля 2012 г. систему регистрации иностранцев заменила система учёта резидентов. Новая система перешла на национальный уровень.
Сведения, хранящиеся в системе регистрации иностранцев, включали:
Все сведения заносились в документ – регистрационную карточку, которая хранилась в муниципалитете, где проживал иностранец. О любых изменениях следовало сообщить в муниципальный офис.
Если иностранец-резидент переезжал в другое место на территории Японии, он должен был сообщить о своём переезде в муниципалитет по новому месту жительства, который получал его/её регистрационную карточку. Если иностранец уезжал из Японии без разрешения на повторный въезд, действие регистрационной карточки аннулировалось, и она передавалась в архив при Министерстве юстиции. Повторный въезд того же лица требовал повторной регистрации, при которой заводилась новая регистрационная карточка.
После регистрации иностранцу выдавался документ с фотографией, удостоверяющий личность – регистрационную карточку иностранца. В Японии все иностранцы должны были носить с собой паспорт или регистрационную карточку иностранца постоянно. Выдача регистрационной карточки обычно занимала 2 недели с момента подачи заявления.
Регистрацию иностранца так же подтверждало свидетельство о регистрации, которое представляло собой документ формата А4, похожий на свидетельство о регистрации места жительства, которое выдаётся гражданам Японии. Поскольку в свидетельстве не было фотографии, его не использовали для удостоверения личности так широко как регистрационную карточку, и оно играло роль лишь временной замены.
При отъезде из Японии регистрационную карточку полагалось сдавать до получения повторного действующего разрешения на въезд в страну.